市政府口岸物流辦位于渝北區青竹東路6號，設置綜合處(組織人事處)、規劃發展處、口岸服務處、物流產業處、多式聯運處、水運物流處、鐵路物流處、航空物流處、公路物流處、科技信息處等多個處室。

　　市政府口岸物流辦職能職責眾多，作為推進“陸海新通道”、中歐班列(重慶)、國際航空樞紐等出海出境大通道建設的牽頭單位，對我市打造內陸開放高地具有重要的作用。

　　具體而言，市政府口岸物流辦首先要貫徹執行國家有關口岸、物流工作的方針政策和法律、法規、規章。同時，要負責起草本市口岸、物流工作的地方性法規草案、政府規章，擬訂口岸、物流工作的綜合管理規范性文件并組織實施。

　　其次，市政府口岸物流辦要統籌指導全市口岸和物流發展、運營工作，負責擬定全市口岸和物流發展戰略、中長期發展規劃及年度計劃并組織實施;擬訂全市口岸和物流發展政策措施并組織實施。同時，該部門要統籌全市口岸和物流重大項目規劃布局，負責口岸和物流改革創新事項。

　　此外，市政府口岸物流辦還負責全市口岸開放、擴大開放和口岸功能拓展工作，并統籌協調并督促落實全市口岸查驗和配套設施的規劃、計劃、投資、建設和改造工作。

　　市政府口岸物流辦也要統籌推進多式聯運發展，提升物流通道互聯互通水平，提高多式聯運樞紐集疏運能力。同時，還負責培育多式聯運市場主體，豐富拓展聯運產品。

　　另一方面，在重慶打造內陸開放高地的過程中，市政府口岸物流辦還是一個重要的協調服務部門。

　　具體而言，該機構要協調配合口岸查驗單位履行查驗監管職責，協調解決口岸運行中的重大問題;統籌優化口岸營商環境，促進跨境貿易便利化;統籌協調全市水運、航空、鐵路、公路等多種運輸方式的物流組織、調度、運營、管理工作;推動我市與其他地區之間的物流通道、運輸方式、相關單位的銜接、聯絡、協調、配合工作