1.職工基本醫療保險覆蓋面較為狹窄
根據國務院的相關決定，應該要建立起城鎮職工基本醫療保險制度，城鎮所有企業包括國有企業都應該要參加基本醫療保險。可是我國還是有一部分企業還沒有能夠建立起完善的醫療保險制度，尤其是一些中小民營企業，企業基礎設施差、在職員工少，再加上對于國家所推行的基本醫療保險政策還不夠重視，一部分企業職工都沒有能夠納入到當地的基本醫療保險系統，另外就是下崗失業人員，雖然根據國家相關政策規定，國企的下崗人員能夠在當地再就業服務中心領取到最為基本的生活費用，可是失業期間要繳納醫療保險費用對于這些下崗職工來說還是存在著很大的難度。最后就是存在著個別企業逃避了社會保險的繳納，與員工進行契約式拒保。
2.醫療保險的體系不夠完善
各地醫療保險辦理機構都對職工基本醫療保險以及一些重大疾病的醫療補助范圍進行了明確規定，并且對于醫療保險的支付比例以及最高支付額度也都有制度上的規定。可是這最高支付限額有時候并不能夠滿足參保職工重大疾病醫藥費的需求，對于支付比例的限制也很難滿足不同經濟效益的企業職工醫療保險的需要。有些效益比較好的企業職工對于醫療保險的支付水平并不是很滿足，而有些效益比較差的企業職工又無法承擔起較高的醫療保險費用。
3.缺乏強有力的監督機構
由于缺乏強有力的監督機制，職工醫療保險在具體運作過程中就存在著一些重要的問題。一方面，醫保定點醫院為了獲得更高的經濟利益而出現故意增加醫療服務項目、胡亂開藥檢查等等不良行為，導致藥品價格的虛高，企業職工看病難。另一方面，醫療保險辦理機構對于醫療保險稽查工作不到位，導致有些職工為了能夠從醫院獲得不正當的經濟利益，就用冒名住院或者掛床住院的行為來騙取醫療保險金。
