中小企業在人力資源管理中的根本問題是人力的非資源化現象嚴重。人力資源之所以特殊于其他資源，是因為人力資源是凝結在管理者和員工身上的知識、技巧、能力和經驗。恰恰因為人力資源是組織中唯一具有能動性的活資源而被中小企業管理者忽略其資源性，一旦人力資源的資源性被淡化，隨之而來的則是中小企業人力資源管理的人事化的加重和行政化的抬頭。這些后果不利于企業遠景目標的實現和自身核心價值文化的構建，以至于中小企業無法滿足員工除基本物質需求之外的更高需求，導致企業人才流失加劇，迫使中小企業管理者不得不時刻進行人員招聘，無法滿足企業發展對于人才的長期要求。究因則實為人力資源的“非資源化”，中小企業只有認識到人力資源的資源價值，在以人為本的基礎上充分發掘其經濟性才能跳出人力資源管理的惡性循環，進而獲得企業的長遠發展。
中小企業自身實力不夠強大。一個企業的實力分為企業財務反映的硬實力和企業文化反映的軟實力兩個方面，而中小企業在這兩個方面均不夠強大，對于人才沒有特別大的吸引力，其中更不乏將中小企業當作自己事業的跳板的人，使得大部分中小企業成了人來人往的市場。因此，中小企業管理者為了留住人才不得不拿出金錢來“收買”，導致企業在人力資源管理以及薪酬管理上無法實現有效化，常常出現人手短缺和薪酬支出較高的情況。同時由于人才流失的周期較短，導致中小企業管理者無心也無力著手企業的核心文化建設，致使企業的軟實力始終不能得到增強。
中小企業用人機制不科學，觀念落后。中小企業的管理大多是經營權和所有權都集中于企業主，形成“家族式管理”的格局。這種方式在保障企業所有權，保護企業機密方面起到較大作用，但是從長遠來看，該模式下的企業員工難以產生對企業的歸屬感和安全感。同時容易造成企業在人員任用上“舉親避賢”和感情用事的局面，難以在企業內部形成長期的信任機制和科學有效的人才培養機制，常常造成中小企業內部員工對企業主“離心離德”現象。
