東莞升格為地級市，市政協進行相應的調整與改革。1988年6月12日，政協東莞市六屆三次會議召開，選舉陳矛為主席，劉連科等6人為副主席，何宗為秘書長。本屆政協委員共有194名，其中常務委員44名(含正副主席)。

　　從1991年至2011年，東莞市政協歷經五屆，鄭錦滔、杜奕寬、李漢松、袁李松、劉樹基先后擔任市政協主席。2012年1月5日至8日，政協東莞市十二屆一次會議在東莞召開，462名委員參加會議，選舉李毓全為主席，何碧霞等8人為副主席，張月忠為秘書長，選舉產生常務委員共75名。

　　在改革浪潮中助推經濟發展

　　滄海桑田須臾，赤膽衷情盡顯。改革開放后，黨和國家的工作重心轉向“以經濟建設為中心”。這一期間，東莞市政協圍繞不同時期不同階段東莞改革發展大局、重點工作，從“一網兩區三張牌”“一城三創五爭先”，到“經濟社會雙轉型”，再到“加快轉型升級、建設幸福東莞、實現高水平崛起”……每一次東莞經濟社會發展實現的歷史飛躍，都可以看到人民政協的身影。

　　圍繞當時的中心任務，歷屆東莞政協深入調查研究，積極履行職能，為東莞經濟發展出謀劃策。在1987年至1991年，政協東莞市第六屆委員會組織專題調查17次，視察活動29次，專題研討會6次，專題座談會4次，咨詢活動2次，舉辦報告會3次，提出專題報告13件，專題建議11件，綜合性材料10件，為市委市政府決策提供有益參考。比如，《關于集體經濟發展緩慢的管理區情況的調查報告》得到市政府高度重視。市政府專門組織力量研究探討、摸清底子，對全市112個集體經濟發展緩慢的管理區，決定從地方財政每年貸款2000萬元，連續三年利息由市財政承擔，幫助發展集體工農業生產項目，改變落后面貌。

　　時間來到2009年，受國際金融危機的強烈沖擊，東莞企業的生存發展遭到嚴峻考驗。為此，東莞市政協積極做好收集社情、溝通政企、提振信心、幫扶企業等工作，在東莞抗擊金融危機過程中發揮了特殊的作用。

　　一方面，市政協正副主席分別率隊，深入走訪40多家委員企業，鼓勵企業家在逆境中求發展。另一方面，為了幫助中小企業渡過難關，先后前往10多個鎮(街)進行調研，對308家商會會員企業進行問卷調查，深入了解他們轉型升級的情況，以及應對金融危機的做法和措施。